En 1969 se aprobó el Centro de Investigaciones para el Desarrollo Integral –CIDI- con la jefatura del ingeniero mecánico Elkin Baena Sierra con el objetivo de promover la formación y el desarrollo integral del hombre y la comunidad, a través de una proyección total en los campos del desarrollo colombiano.

A finales del año 1977, asume la jefatura el doctor Augusto Uribe Montoya, quien orientó la Universidad hacia la investigación aplicada, y con la prioridad de vincular a la institución con el sector productivo y empresarial. En este periodo se prestan los primeros servicios a empresas como Simesa y Apolo en asesoría para la adquisición, mantenimiento y modernización tecnológica.

1984, con la jefatura del arquitecto César Valencia Jaramillo, el ClDI se hizo acreedor a varios premios y galardones, entre los que se destacan el primer puesto en la segunda versión del concurso sobre Investigación comercial, convocado por Fenalco, que significó el reconocimiento por parte de organismos y entidades nacionales y extranjeras por su excelente labor investigativa. Posteriormente, vendrían convenios y contratos de investigación con entidades como la OEA, Colciencias y con el sector industrial, por medio de proyectos conjuntos con la industria del cuero.

En 1989 asume la jefatura el ingeniero Eugenio Betancur Escobar, momento para el cual el 75% de las actividades del CIDI estaban relacionadas con asesoría y consultoría.

A finales de 1995 y principios de 1996, con la dirección del ingeniero mecánico Isaac Tcachman Ziskiend, se realizan cambios sustanciales como la creación de la Dirección de Investigaciones y la reestructuración del CIDI, lo que implica la separación de dos escenarios: por un lado, el CIDI, con la gestión de proyectos de asesoría y consultoría y, por el otro, la Dirección de Investigaciones con el afianzamiento de la investigación y la producción de conocimiento científico y aplicado, encargándose de todo lo correspondiente con la producción científica.

La dinámica investigativa y de transferencia que generaron las dos direcciones conformadas en 1995 permitieron logros visibles interna y externamente y configuraron su fusión en el año 2001 en lo que se llamaría el Centro Integrado para el Desarrollo de la Investigación -CIDI-, que coordina tanto la investigación externa aplicada para proyectos de asesoría y consultoría, como la interna asociada con la docencia investigativa. En este periodo se contempla una orientación de sus políticas de investigación en el marco de tres estrategias: la gestión tecnológica, el plan de maestrías, doctorados e investigación, la acreditación institucional con el fortalecimiento de la investigación y los programas de postgrado.

Se crea la revista Universitas Científica con el propósito de estimular el deseo de plasmar de forma escrita sus iniciativas, discusiones, análisis, conclusiones y proyectos en torno al conocimiento universal. Para comienzos de esta década la Universidad cuenta con 24 grupos de investigación avalados por Colciencias; 12 unidades de servicios que integran la investigación y la docencia; una unidad de proyectos que agrupa disciplinas y proyectos específicos, al programa de pasantías de investigación para la formación de jóvenes investigadores; un sistema de formación para la autoevaluación de grupos de investigación y un sistema de formación de I+D+i que da cuenta de la actividad investigativa y de servicios.