Directivos 

Es Gran Canciller de la Universidad, por derecho propio, el Arzobispo de la Arquidiócesis de Medellín o quien haga sus veces. De acuerdo con la legislación Canónica, ejerce la máxima autoridad sobre la Universidad Pontificia Bolivariana.

El Gran Canciller nombra al Rector General, de la terna acordada con el Consejo Directivo General en una sesión especial que él mismo preside. Dicho nombramiento es sometido a la aprobación de la Congregación para la Educación Católica.
El Rector de las Seccionales es escogido por el Consejo Directivo General de acuerdo con el candidato o candidatos que le presenta el Rector General, previo concepto favorable del Gran Canciller.
Los periodos para los rectores es tres años y puede ser reelegido hasta por dos veces consecutivas

El Vicerrector General es la persona con autoridad inmediata delegada del Rector General, para la dirección de toda la Universidad. Es nombrado y removido por el Rector General de común acuerdo con el Gran Canciller de la Universidad.
Los Vicerrectores son los responsables de la gestión
 en los máximos subsistemas institucionales. También son nombrados por el Rector General, con consentimiento del Gran Canciller.